pkg.soopen package index

brew / Rang 5402

spades mit Homebrew, apt, Nix installieren

Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für spades in AI-Agent-Workflows.

InstallationsbefehlSicherheitshinweise

Installation

Weitere Installationsbefehle

macOS

Homebrewverifiziert · 100%
brew install spades

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptverifiziert · 92%
sudo apt install spades

Debian stable package indexes · spades · Quelle: deb.debian.org

Nixverifiziert · 92%
nix profile install nixpkgs#spades

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sp/spades/package.nix · Quelle: api.github.com

Überblick

Paketzusammenfassung

De novo genome sequence assembly

Befehle und Aliase

  • coronaspades.py
  • metaplasmidspades.py
  • metaspades.py
  • metaviralspades.py
  • plasmidspades.py
  • rnaspades.py
  • rnaviralspades.py
  • spades-bwa
  • spades-convert-bin-to-fasta
  • spades-core
  • spades-corrector-core
  • spades-gbuilder
  • spades-gfa-split
  • spades-gmapper
  • spades-gsimplifier
  • spades-hammer
  • spades-ionhammer
  • spades-kmer-estimating
  • spades-kmercount
  • spades-read-filter
  • spades.py
  • spades_init.py

Verlauf

Projektgeschichte und Nutzung

SPAdes is a genome assembly toolkit distributed as command-line pipelines for sequencing data. In package-manager culture it matters less as a package manager itself and more as a scientific CLI with many entry points that system package indexes make easier to install reproducibly.

Projektgeschichte

The SPAdes project traces its cited work back to the 2012 and 2013 SPAdes papers, and the current official repository was created on GitHub in 2016. Its README presents SPAdes as a toolkit for assembly and analysis of sequencing data, primarily Illumina data, with support for IonTorrent and hybrid modes using long reads as supplementary data.

Adoptionsgeschichte

SPAdes accumulated specialized pipelines around common genomics workflows, including metaSPAdes, plasmidSPAdes, metaviralSPAdes, rnaSPAdes, and coronaSPAdes. The official citation guidance lists papers for these modes, reflecting adoption across bacterial, metagenomic, viral, transcriptomic, plasmid, and public-health sequencing use cases.

Wie es verwendet wird

Users usually run `spades.py` or one of the mode-specific wrappers with input read files and an output directory, then inspect generated assemblies and logs. The package also ships standalone utilities for k-mer counting, graph operations, sequence-to-graph alignment, and related assembly tasks.

Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren

SPAdes is a good example of why scientific CLIs get packaged broadly: it has compiled code, Python entry points, test commands, large release artifacts, and many subcommands that researchers want to install through Homebrew, Debian/Ubuntu, Nix, or other reproducible environments instead of hand-building each lab machine.

Zeitleiste

  • 2012: Early SPAdes paper cited by the official project.
  • 2013: Additional early SPAdes paper cited by the official project.
  • 2016: Current public GitHub repository created.
  • 2017: metaSPAdes paper listed in official citation guidance.
  • 2022: coronaSPAdes paper listed in official citation guidance.

Related projects

  • Related SPAdes modes and pipelines include metaSPAdes, plasmidSPAdes, metaviralSPAdes, rnaSPAdes, biosyntheticSPAdes, coronaSPAdes, and SPlitteR.

Sicherheitslage

Risikostufe: grün

narrow executable package without higher-risk signals.

Risikoklassifikator

grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance

Warum

  • narrow executable package without higher-risk signals

Signale

  • metadata:no-higher-risk-signals

Installationsverhalten

  • Es wurden keine Homebrew-Bottle-Metadaten erfasst.

Empfohlene Prüfung

Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.

Executables

Installierte Executables

BefehlArtSichtbarkeitHinweis
coronaspades.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
metaplasmidspades.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
metaspades.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
metaviralspades.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
plasmidspades.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
rnaspades.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
rnaviralspades.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-bwaExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-convert-bin-to-fastaExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-coreExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-corrector-coreExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-gbuilderExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-gfa-splitExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-gmapperExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-gsimplifierExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-hammerExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-ionhammerExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-kmer-estimatingExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-kmercountExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades-read-filterExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
spades_init.pyExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.

Aktualität

Version und Aktualität

Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.

Seite generiert2026-08-03
Manager-Version4.3.0
Manager aktualisiert2026-07-29
lokale Datenunbekannt
Upstreamnicht verfügbar
neueste erkannte Versionnicht erkannt
  • OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.

Installationsmetadaten

Paketmetadaten

Paketschlüsselbrew:spades
Version4.3.0
PaketmanagerHomebrew
Homepagehttps://ablab.github.io/spades/
Repositoryhttps://github.com/ablab/spades
Zuletzt aktualisiert2026-07-29T14:13:07+09:00
Pulseupdated
Bottlenicht erfasst
Dienstkeiner deklariert

Source-Datenbank-Treffer

Andere Paketmanager-Einträge

Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.

Debian apt95%

spades 4.0.0+really3.15.5+dfsg-1

genome assembler for single-cell and isolates data sets

https://github.com/ablab/spades

sudo apt install spades
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 14 Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Spades
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: spades from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

spades

nix profile install nixpkgs#spades
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Spades
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/sp/spades/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

spades 3.15.5+dfsg-7

genome assembler for single-cell and isolates data sets

http://cab.spbu.ru/software/spades/

sudo apt install spades
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 14 Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Spades
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: spades from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Paketgraph

Links stammen aus dem lokalen Paketbeziehungsgraph, Ergänzungen, Abhängigkeitskanten, Ecosystem-Matches und Paket-Hub-Mitgliedschaft.

Quellspur

Aus Repository-Daten generiert

Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.

Verwendete Quellen

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation