pkg.soopen package index

brew / Rang 2930

snakemake mit Homebrew, apt, Nix installieren

Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für snakemake in AI-Agent-Workflows.

InstallationsbefehlSicherheitshinweise

Installation

Weitere Installationsbefehle

macOS

Homebrewverifiziert · 100%
brew install snakemake

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptverifiziert · 92%
sudo apt install snakemake

Debian stable package indexes · snakemake · Quelle: deb.debian.org

Nixverifiziert · 92%
nix profile install nixpkgs#snakemake

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix · Quelle: api.github.com

Überblick

Paketzusammenfassung

Pythonic workflow system

Befehle und Aliase

  • snakemake

Verlauf

Projektgeschichte und Nutzung

Snakemake is a Python-based workflow management system for reproducible and scalable data analyses, especially common in bioinformatics and scientific computing.

Projektgeschichte

The official citation page identifies the initial Snakemake publication as a 2012 Bioinformatics article, followed by a 2021 rolling paper for ongoing feature updates. The official GitHub README describes Snakemake workflows as human-readable, Python-based definitions that scale from local machines to server, cluster, grid, and cloud environments.

Adoptionsgeschichte

The official README reports that Snakemake was receiving more than seven new citations per week in 2021 and had almost 400k downloads at that time. The supplied metadata shows distribution through Homebrew, Debian, Ubuntu, Fedora/DNF, and Nix.

Wie es verwendet wird

Users describe workflows in Snakefiles, define rules, inputs, outputs, and software environments, and run snakemake to build requested targets. The official deployment docs recommend a repository layout with workflow code under workflow/ and configuration under config/, including config/config.yaml examples.

Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren

Snakemake is significant for package maintainers because it bridges language-level workflow definitions, reproducible software deployment, Conda/container integration, and distribution through multiple OS package managers.

Zeitleiste

  • 2012: Initial Snakemake paper published in Bioinformatics.
  • 2019: Current official GitHub repository created.
  • 2021: Sustainable data analysis with Snakemake rolling paper published.
  • 2024: Snakemake 8 release line decomposes functionality into plugins.
  • 2026: Stable documentation tracks Snakemake 9.x.

Related projects

  • Snakemake workflow catalog
  • Snakemake wrappers
  • Snakemake executor plugins
  • Conda
  • Apptainer

Sicherheitslage

Noch keine Protected-Tool-Abdeckung gefunden

Für snakemake wurde kein passendes lokales Secret-Handling-Manifest gefunden. Nucleus-Paketmetadaten bleiben hier veröffentlicht, damit künftige Abdeckung eine stabile Paket-URL hat.

Installationsverhalten

  • Es wurden keine Homebrew-Bottle-Metadaten erfasst.

Empfohlene Prüfung

Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.

local files

Configuration and credential file locations

These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.

Configuration files

Config paths the tool may read or write during local use.

Unix
config/config.yaml

Executables

Installierte Executables

BefehlArtSichtbarkeitHinweis
snakemakeExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.

Aktualität

Version und Aktualität

Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.

Seite generiert2026-08-03
Manager-Version9.24.0
Manager aktualisiert2026-07-31
lokale Datenunbekannt
Upstreamnicht verfügbar
neueste erkannte Versionnicht erkannt
  • OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.

Installationsmetadaten

Paketmetadaten

Paketschlüsselbrew:snakemake
Version9.24.0
PaketmanagerHomebrew
Homepagehttps://snakemake.readthedocs.io/
Repositoryhttps://github.com/snakemake/snakemake
Zuletzt aktualisiert2026-07-31T14:26:29Z
Pulseupdated
Bottlenicht erfasst
Dienstkeiner deklariert

Source-Datenbank-Treffer

Andere Paketmanager-Einträge

Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.

Debian apt95%

snakemake 7.32.4-7

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake
  • Section: science
  • Architecture: all
  • 28 Abhängigkeiten
  • 17 optionale Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Snakemake
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

snakemake-doc 7.32.4-7

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: snakemake
  • 4 Abhängigkeiten
  • 1 optionale Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Snakemake
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

snakemake

nix profile install nixpkgs#snakemake
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Snakemake
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

snakemake 7.32.4-2

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • 29 Abhängigkeiten
  • 17 optionale Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Snakemake
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

snakemake-doc 7.32.4-2

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: snakemake
  • 4 Abhängigkeiten
  • 1 optionale Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Snakemake
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Paketgraph

Links stammen aus dem lokalen Paketbeziehungsgraph, Ergänzungen, Abhängigkeitskanten, Ecosystem-Matches und Paket-Hub-Mitgliedschaft.

Quellspur

Aus Repository-Daten generiert

Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.

Verwendete Quellen

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated configuration and credential file locations
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation