pkg.soopen package index

brew / Rang 7309

mummer mit Homebrew, apt installieren

Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für mummer in AI-Agent-Workflows.

InstallationsbefehlSicherheitshinweise

Installation

Weitere Installationsbefehle

macOS

Homebrewverifiziert · 100%
brew install mummer

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptverifiziert · 92%
sudo apt install mummer

Debian stable package indexes · mummer · Quelle: deb.debian.org

Überblick

Paketzusammenfassung

Genome alignment tool

Befehle und Aliase

  • combineMUMs
  • delta-filter
  • dnadiff
  • exact-tandems
  • mummer
  • mummerplot
  • nucmer
  • promer
  • repeat-match
  • show-aligns
  • show-coords
  • show-diff
  • show-snps
  • show-tiling

Verlauf

Projektgeschichte und Nutzung

MUMmer is a bioinformatics sequence-alignment package built around maximal unique matches and suffix-based data structures. The first MUMmer paper, "Alignment of whole genomes," by Arthur L. Delcher, Simon Kasif, Robert D. Fleischmann, Jeremy Peterson, Owen White, and Steven L. Salzberg, described a system for rapidly aligning genome-length DNA sequences with suffix trees, demonstrated on bacterial strains, Mycoplasma genomes, and syntenic human/mouse sequences. The name refers to MUMs, or maximal unique matches, used as anchors for large-scale alignments.

Projektgeschichte

The package's major releases track the growth of genome data. MUMmer 2.1 added NUCmer and PROmer and was described by Delcher, Adam Phillippy, Jane Carlton, and Salzberg as faster and more memory-efficient for large-scale genome alignment and comparison. MUMmer 3.0, described by Stefan Kurtz, Phillippy, Delcher, and collaborators in Genome Biology, made the software open source and better suited to comparing large genomes. MUMmer4, developed by Guillaume Marcais and Aleksey Zimin with the broader MUMmer team, reworked the core from MUMmer3's 32-bit suffix tree constraints toward a 48-bit suffix-array approach and added parallel query processing; the PLOS Computational Biology paper describes MUMmer and nucmer as among the widely used alignment packages in genomics.

Wie es verwendet wird

In practice, researchers use the suite's commands for whole-genome alignment, draft assembly comparison, contig-to-contig alignment, variant and SNP inspection, dot plots, and translated protein-level comparisons. The package-manager niche is scientific command-line software: Homebrew and Debian/Ubuntu packages expose tools such as `mummer`, `nucmer`, `promer`, `dnadiff`, `delta-filter`, `show-coords`, `show-snps`, and `mummerplot`, making a research-grade genome comparison toolkit installable like ordinary Unix utilities.

Sicherheitslage

Risikostufe: grün

narrow executable package without higher-risk signals.

Risikoklassifikator

grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance

Warum

  • narrow executable package without higher-risk signals

Signale

  • metadata:no-higher-risk-signals

Installationsverhalten

  • Es wurden keine Homebrew-Bottle-Metadaten erfasst.

Empfohlene Prüfung

Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.

Executables

Installierte Executables

BefehlArtSichtbarkeitHinweis
combineMUMsExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
delta-filterExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
dnadiffExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
exact-tandemsExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
mummerExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
mummerplotExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
nucmerExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
promerExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
repeat-matchExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
show-alignsExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
show-coordsExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
show-diffExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
show-snpsExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.
show-tilingExecutableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.

Aktualität

Version und Aktualität

Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.

Seite generiert2026-08-03
Manager-Version4.0.1
Manager aktualisiert
lokale Datenunbekannt
Upstreamnicht verfügbar
neueste erkannte Versionnicht erkannt
  • OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.

Installationsmetadaten

Paketmetadaten

Paketschlüsselbrew:mummer
Version4.0.1
PaketmanagerHomebrew
Homepagehttps://github.com/mummer4/mummer
Repositoryhttps://github.com/mummer4/mummer
Bottlenicht erfasst
Dienstkeiner deklariert

Source-Datenbank-Treffer

Andere Paketmanager-Einträge

Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.

Debian apt95%

mummer 3.23+dfsg-8

Efficient sequence alignment of full genomes

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 5 Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Mummer
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mummer from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

mummer-doc 3.23+dfsg-8

Documentation for MUMmer

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: mummer
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Mummer
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mummer-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

mummer 3.23+dfsg-8

Efficient sequence alignment of full genomes

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 5 Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Mummer
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mummer from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

mummer-doc 3.23+dfsg-8

Documentation for MUMmer

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: mummer
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Mummer
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mummer-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Paketgraph

Links stammen aus dem lokalen Paketbeziehungsgraph, Ergänzungen, Abhängigkeitskanten, Ecosystem-Matches und Paket-Hub-Mitgliedschaft.

Quellspur

Aus Repository-Daten generiert

Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.

Verwendete Quellen

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation