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Homebrewverifiziert · 100%
brew install miniprotlocal Homebrew formula metadata
brew / Rang 11998
miniprot mit Homebrew installieren
Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für miniprot in AI-Agent-Workflows.
Installation
Weitere Installationsbefehle
Überblick
Paketzusammenfassung
Align proteins to genomes with splicing and frameshift
Projektlinks
Befehle und Aliase
- miniprot
Verlauf
Projektgeschichte und Nutzung
miniprot is Heng Li's protein-to-genome aligner for genome annotation. The preprint appeared in 2022 and the Bioinformatics paper was published in 2023, describing miniprot as a new aligner for mapping protein sequences to complete genomes with k-mer sketching and vectorized dynamic programming.
Projektgeschichte
The program fills a bioinformatics gap between older tools such as GeneWise and Exonerate and the scale of modern genome projects. Its README says it aligns protein sequences against genomes with affine gap penalties, splicing, and frameshifts, primarily to annotate protein-coding genes in a new species using known genes from other species. It can build a genome index, output protein PAF, emit GFF3 with embedded PAF, and optionally use splice scores from minisplice.
Wie es verwendet wird
Adoption is source-backed through bioinformatics workflows rather than general-purpose package popularity. BUSCO's user guide lists miniprot among third-party tools to cite, and the GALBA genome-annotation pipeline paper describes genome annotation with miniprot and AUGUSTUS. Homebrew packages it as a single `miniprot` executable for the scientific-command-line niche, alongside Bioconda-style distribution and upstream source builds.
Quellen
Sicherheitslage
Risikostufe: grün
narrow executable package without higher-risk signals.
Risikoklassifikator
grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance
Warum
- narrow executable package without higher-risk signals
Signale
- metadata:no-higher-risk-signals
Installationsverhalten
- Es wurden keine Homebrew-Bottle-Metadaten erfasst.
Empfohlene Prüfung
Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.
Executables
Installierte Executables
| Befehl | Art | Sichtbarkeit | Hinweis |
|---|---|---|---|
miniprot | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
Aktualität
Version und Aktualität
Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.
Seite generiert2026-08-03
Manager-Version0.18
Manager aktualisiert
lokale Datenunbekannt
Upstreamnicht verfügbar
neueste erkannte Versionnicht erkannt
- OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.
Installationsmetadaten
Paketmetadaten
| Paketschlüssel | brew:miniprot |
|---|---|
| Version | 0.18 |
| Paketmanager | Homebrew |
| Homepage | https://lh3.github.io/miniprot/ |
| Repository | https://github.com/lh3/miniprot |
| Bottle | nicht erfasst |
| Dienst | keiner deklariert |
Quellspur
Aus Repository-Daten generiert
Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Verwendete Quellen
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation