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Homebrewverifiziert · 100%
brew install fastq-toolslocal Homebrew formula metadata
brew / Rang 12358
fastq-tools mit Homebrew installieren
Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für fastq-tools in AI-Agent-Workflows.
Installation
Weitere Installationsbefehle
Überblick
Paketzusammenfassung
Small utilities for working with fastq sequence files
Projektlinks
Befehle und Aliase
- fastq-grep
- fastq-kmers
- fastq-match
- fastq-qscale
- fastq-qual
- fastq-qualadj
- fastq-sample
- fastq-sort
- fastq-uniq
Verlauf
Projektgeschichte und Nutzung
fastq-tools is a compact suite of Unix-style utilities for FASTQ sequencing files, including tools for sorting, grepping, k-mer counting, local sequence matching, quality-score tabulation and adjustment, sampling, and duplicate counting.
Projektgeschichte
Daniel C. Jones published fastq-tools under an MIT-style license in 2011. The README presents it as a collection of small and efficient programs for common tasks with high-throughput sequencing data in FASTQ format.
The package follows the older autotools-era scientific CLI model: generated configure scripts for release tarballs, autogen.sh for git checkouts, and a short dependency list of PCRE and zlib. The GitHub repository remained active through later tags, with v0.8.3 listed among its published tags.
Adoptionsgeschichte
fastq-tools is niche compared with later all-in-one preprocessors, but it fills a durable command-line niche for people who want small composable tools over a single workflow application. Its Homebrew packaging reflects that Unix-toolbox use case.
Wie es verwendet wird
The suite works with ordinary and gzipped FASTQ files. Users pick individual commands such as fastq-sort, fastq-grep, fastq-kmers, fastq-sample, fastq-uniq, and fastq-qual rather than configuring a long-running application.
No persistent configuration or credentials file is documented; behavior is driven by command-line options and the input FASTQ streams or files.
Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren
fastq-tools is significant as a small-binary, many-command package: it packages the FASTQ format as a shell-friendly toolkit. That makes it closer to classic text-processing utilities than to GUI or report-heavy bioinformatics applications.
Zeitleiste
- 2011: The GitHub repository is created and the README copyright names Daniel C. Jones.
- 2011: The project is released as a set of small FASTQ utilities.
- 2022: The repository shows later maintenance activity.
- 2022: v0.8.3 is listed among repository tags.
Related projects
- fastq-tools complements larger FASTQ quality-control and preprocessing tools by providing focused filters and counters for shell pipelines.
Quellen
Sicherheitslage
Risikostufe: grün
narrow executable package without higher-risk signals.
Risikoklassifikator
grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance
Warum
- narrow executable package without higher-risk signals
Signale
- metadata:no-higher-risk-signals
Installationsverhalten
- Es wurden keine Homebrew-Bottle-Metadaten erfasst.
Empfohlene Prüfung
Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.
Executables
Installierte Executables
| Befehl | Art | Sichtbarkeit | Hinweis |
|---|---|---|---|
fastq-grep | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
fastq-kmers | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
fastq-match | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
fastq-qscale | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
fastq-qual | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
fastq-qualadj | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
fastq-sample | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
fastq-sort | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
fastq-uniq | Executable | indexiertes Executable | Aus dem lokalen Executable-Index erkannt. |
Aktualität
Version und Aktualität
Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.
Seite generiert2026-08-03
Manager-Version0.8.3
Manager aktualisiert
lokale Datenunbekannt
Upstreamnicht verfügbar
neueste erkannte Versionnicht erkannt
- OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.
Installationsmetadaten
Paketmetadaten
| Paketschlüssel | brew:fastq-tools |
|---|---|
| Version | 0.8.3 |
| Paketmanager | Homebrew |
| Homepage | https://github.com/dcjones/fastq-tools |
| Repository | https://github.com/dcjones/fastq-tools |
| Bottle | nicht erfasst |
| Dienst | keiner deklariert |
Quellspur
Aus Repository-Daten generiert
Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Verwendete Quellen
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation