pkg.soopen package index

brew / Rang 8765

adapterremoval mit Homebrew, apt installieren

Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für adapterremoval in AI-Agent-Workflows.

InstallationsbefehlSicherheitshinweise

Installation

Weitere Installationsbefehle

macOS

Homebrewverifiziert · 100%
brew install adapterremoval

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptverifiziert · 92%
sudo apt install adapterremoval

Debian stable package indexes · adapterremoval · Quelle: deb.debian.org

Überblick

Paketzusammenfassung

Rapid adapter trimming, identification, and read merging

Befehle und Aliase

  • adapterremoval3

Verlauf

Projektgeschichte und Nutzung

AdapterRemoval is a bioinformatics command-line tool for trimming adapter sequences, trimming low-quality bases, merging overlapping paired-end reads, demultiplexing barcoded reads, and producing sequencing QC reports.

Projektgeschichte

The README cites the original AdapterRemoval publication by Lindgreen in 2012 and the AdapterRemoval v2 paper by Schubert, Lindgreen, and Orlando in 2016. Version 3 is described as a major revision of version 2 focused on simpler defaults, more features, and higher throughput.

The GitHub repository was created in 2014 and now publishes the `adapterremoval3` command with documentation hosted on Read the Docs.

Adoptionsgeschichte

AdapterRemoval became a common sequencing utility because adapter trimming and read merging are routine preprocessing steps for high-throughput sequencing FASTQ data. Its README notes precompiled binaries for Linux, macOS, and Windows, and the supplied input lists Homebrew, Debian, and Ubuntu packages.

Wie es verwendet wird

Users run `adapterremoval3` with input FASTQ files and an output prefix; default behavior can automatically detect adapters, trim low-quality bases, filter reads, write compressed FASTQ, and generate HTML and JSON reports.

Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren

For package maintainers, AdapterRemoval is a good example of a scientific CLI where reproducibility, CPU-specific acceleration, compression libraries, and manpage/docs installation all matter. Version 3 adds SIMD acceleration and broader platform packaging concerns.

Zeitleiste

  • 2012: Original AdapterRemoval publication appeared in BMC Research Notes.
  • 2014: GitHub repository `MikkelSchubert/adapterremoval` was created.
  • 2016: AdapterRemoval v2 paper described rapid adapter trimming, identification, and read merging.
  • 2022: First AdapterRemoval v3 alpha release was published.
  • 2026: AdapterRemoval v3.0.0 was published.

Related projects

  • Related tools and domains include FASTQ preprocessing pipelines, adapter trimming utilities, Illumina sequencing workflows, SAM/BAM output handling, and QC report generators.

Sicherheitslage

Noch keine Protected-Tool-Abdeckung gefunden

Für adapterremoval wurde kein passendes lokales Secret-Handling-Manifest gefunden. Nucleus-Paketmetadaten bleiben hier veröffentlicht, damit künftige Abdeckung eine stabile Paket-URL hat.

Installationsverhalten

  • Es wurden keine Homebrew-Bottle-Metadaten erfasst.

Empfohlene Prüfung

Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.

Executables

Installierte Executables

BefehlArtSichtbarkeitHinweis
adapterremoval3Executableindexiertes ExecutableAus dem lokalen Executable-Index erkannt.

Aktualität

Version und Aktualität

Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.

Seite generiert2026-08-03
Manager-Version3.0.1
Manager aktualisiert2026-08-02
lokale Datenunbekannt
Upstreamnicht verfügbar
neueste erkannte Versionnicht erkannt
  • OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.

Installationsmetadaten

Paketmetadaten

Paketschlüsselbrew:adapterremoval
Version3.0.1
PaketmanagerHomebrew
Homepagehttps://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval
Repositoryhttps://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval
Zuletzt aktualisiert2026-08-02T00:19:40+09:00
Pulseupdated
Bottlenicht erfasst
Dienstkeiner deklariert

Source-Datenbank-Treffer

Andere Paketmanager-Einträge

Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.

Debian apt95%

adapterremoval 2.3.4-1

rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 5 Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Adapterremoval
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: adapterremoval from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

adapterremoval-examples 2.3.4-1

rapid adapter trimming, identification, and read merging (example data)

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval-examples
  • Section: science
  • Architecture: all
  • Source Package: adapterremoval
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Adapterremoval
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: adapterremoval-examples from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

adapterremoval 2.3.3-2

rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 5 Abhängigkeiten
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Adapterremoval
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: adapterremoval from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

adapterremoval-examples 2.3.3-2

rapid adapter trimming, identification, and read merging (example data)

https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval

sudo apt install adapterremoval-examples
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • Source Package: adapterremoval
  • normalized package name match
  • Abgeglichen nach: Adapterremoval
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: adapterremoval-examples from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

Paketgraph

Links stammen aus dem lokalen Paketbeziehungsgraph, Ergänzungen, Abhängigkeitskanten, Ecosystem-Matches und Paket-Hub-Mitgliedschaft.

Quellspur

Aus Repository-Daten generiert

Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.

Verwendete Quellen

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation