brew / Rang 5926

abyss mit Homebrew, apt, MacPorts installieren

Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für abyss in AI-Agent-Workflows.

Installationsbefehl Sicherheitshinweise

Installation

Weitere Installationsbefehle

macOS

Homebrewverifiziert · 100%

brew install abyss

local Homebrew formula metadata

MacPortsverifiziert · 94%

sudo port install abyss

MacPorts ports tree · www/abyss/Portfile · Quelle: api.github.com

Linux

Debian aptverifiziert · 92%

sudo apt install abyss

Debian stable package indexes · abyss · Quelle: deb.debian.org

Überblick

Paketzusammenfassung

Genome sequence assembler for short reads

Projektlinks

Befehle und Aliase

ABYSS
ABYSS-P
AdjList
Consensus
DAssembler
DistanceEst
DistanceEst-ssq
KAligner
MergeContigs
MergePaths
Overlap
ParseAligns
PathConsensus
PathOverlap
PopBubbles
SimpleGraph
abyss-align
abyss-bloom
abyss-bloom-dbg
abyss-bloom-dist.mk
abyss-bowtie
abyss-bowtie2
abyss-bwa
abyss-bwamem
abyss-bwasw
abyss-db-csv
abyss-db-txt
abyss-dida
abyss-fac
abyss-fatoagp
abyss-filtergraph
abyss-fixmate

Verlauf

Projektgeschichte und Nutzung

ABySS is a de novo genome sequence assembler for short paired-end reads, developed at the BC Cancer Genome Sciences Centre and distributed as command-line tools such as abyss-pe and ABYSS-P.

Projektgeschichte

The official changelog records ABySS 1.0 on 2008-08-07. Its 2009 Genome Research paper described ABySS as a parallel assembler for short-read sequence data, and the project page identifies it as a parallel, paired-end assembler using MPI for larger genomes.

ABySS 2.0, released in 2016 and described in a 2017 Genome Research paper, added a Bloom filter assembly mode to reduce memory use for large genomes. Later releases continued to tune Bloom filter assembly, linked-read scaffolding, RResolver integration, and compiler/platform support.

Adoptionsgeschichte

ABySS became part of bioinformatics packaging culture because it exposed a substantial Unix-style command suite around a reproducible assembly pipeline and was packaged by Homebrew, Debian, Ubuntu, MacPorts, and Bioconda.

The project page notes a 2015 International Bioinformatics Resource Award from the Swiss Institute of Bioinformatics, reflecting broader scientific use beyond the original BC Cancer group.

Wie es verwendet wird

Typical use is batch-oriented: users install ABySS through Conda, Homebrew, or from source, then run abyss-pe with parameters such as k and Bloom filter memory settings for paired-end short-read assembly.

The README documents cluster-oriented MPI mode, Bloom filter mode, scaffolding, linked-read workflows, and related tools such as ARCS, Tigmint, Konnector, Sealer, and abyss-bloom.

Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren

ABySS matters to package maintainers because it combines compiled C++ code, MPI/OpenMP, optional scientific dependencies, many installed executables, and large-memory workloads in one formula.

It is a good example of a scientific CLI whose packaging value is not just the top-level binary but a coordinated toolchain used inside reproducible bioinformatics pipelines.

Zeitleiste

2008: ABySS 1.0 released.
2009: Genome Research paper presents ABySS as a parallel assembler for short-read sequence data.
2015: ABySS wins the Swiss Institute of Bioinformatics International Bioinformatics Resource Award.
2016: ABySS 2.0 introduces Bloom filter assembly mode.
2017: ABySS 2.0 paper describes resource-efficient large-genome assembly using a Bloom filter.
2021: ABySS 2.3.0 makes RResolver part of the default pipeline.

Related projects

Related projects in the official README include Trans-ABySS, ARCS, Tigmint, Konnector, Sealer, btllib, Open MPI, Boost, and samtools.

Quellen

https://github.com/bcgsc/abyss#readme
https://raw.githubusercontent.com/bcgsc/abyss/master/ChangeLog
https://www.bcgsc.ca/resources/software/abyss
source_facts.package-manager

Sicherheitslage

Risikostufe: grün

narrow executable package without higher-risk signals.

Risikoklassifikator

grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance

Warum

narrow executable package without higher-risk signals

Signale

metadata:no-higher-risk-signals

Installationsverhalten

Es wurden keine Homebrew-Bottle-Metadaten erfasst.

Empfohlene Prüfung

Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.

Executables

Installierte Executables

Befehl	Art	Sichtbarkeit	Hinweis
`ABYSS`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`ABYSS-P`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`AdjList`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`Consensus`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`DAssembler`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`DistanceEst`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`DistanceEst-ssq`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`KAligner`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`MergeContigs`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`MergePaths`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`Overlap`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`ParseAligns`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`PathConsensus`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`PathOverlap`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`PopBubbles`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`SimpleGraph`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-align`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-bloom`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-bloom-dbg`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-bloom-dist.mk`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-bowtie`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-bowtie2`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-bwa`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-bwamem`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-bwasw`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-db-csv`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-db-txt`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-dida`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-fac`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-fatoagp`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-filtergraph`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-fixmate`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-fixmate-ssq`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-gapfill`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-gc`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-index`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-junction`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-kaligner`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-layout`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-longseqdist`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-map`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-map-ssq`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-mergepairs`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-overlap`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-paired-dbg`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-paired-dbg-mpi`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-pe`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-rresolver-short`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-samtoafg`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-scaffold`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-sealer`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-stack-size`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-tabtomd`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-todot`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`abyss-tofastq`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`konnector`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.
`logcounter`	Executable	indexiertes Executable	Aus dem lokalen Executable-Index erkannt.

Aktualität

Version und Aktualität

Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.

Seite generiert2026-08-03

Manager-Version2.3.10

Manager aktualisiert2026-07-04

lokale Datenunbekannt

Upstreamnicht verfügbar

neueste erkannte Versionnicht erkannt

OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.

Installationsmetadaten

Paketmetadaten

Paketschlüssel	brew:abyss
Version	2.3.10
Paketmanager	Homebrew
Homepage	https://www.bcgsc.ca/resources/software/abyss
Repository	https://github.com/BirolLab/abyss
Zuletzt aktualisiert	2026-07-04T16:53:41+09:00
Pulse	updated
Bottle	nicht erfasst
Dienst	keiner deklariert

Source-Datenbank-Treffer

Andere Paketmanager-Einträge

Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.

Debian apt95%

abyss 2.3.10-1+b1

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

https://github.com/bcgsc/abyss

sudo apt install abyss

Section: science
Architecture: amd64
Source Package: abyss
11 Abhängigkeiten
normalized package name match
Abgeglichen nach: Abyss

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: abyss from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Ubuntu apt95%

abyss 2.3.7-2ubuntu3

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

https://github.com/bcgsc/abyss

sudo apt install abyss

Section: universe/science
Architecture: amd64
11 Abhängigkeiten
normalized package name match
Abgeglichen nach: Abyss

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: abyss from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

MacPorts95%

abyss

sudo port install abyss

normalized package name match
Abgeglichen nach: Abyss

MacPorts ports tree · api.github.com · MacPorts ports tree: www/abyss/Portfile from https://api.github.com/repos/macports/macports-ports/git/trees/master?recursive=1

Quellspur

Aus Repository-Daten generiert

Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/abyss.yml

Verwendete Quellen

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation