macOS
Homebrewverifiziert · 100%
brew install sicklelocal Homebrew formula metadata
brew / Rang 13587
sickle mit Homebrew, apt installieren
Prüfe Installationswege, Executables, Metadaten und Sicherheitshinweise für sickle in AI-Agent-Workflows.
Installation
Weitere Installationsbefehle
Linux
Debian aptverifiziert · 92%
sudo apt install sickleDebian stable package indexes · sickle · Quelle: deb.debian.org
Überblick
Paketzusammenfassung
Windowed adaptive trimming for FASTQ files using quality
Projektlinks
Befehle und Aliase
- sickle
Verlauf
Projektgeschichte und Nutzung
Sickle is a C command-line program that trims low-quality sequence from FASTQ reads with an adaptive sliding-window algorithm and discards reads below a chosen length threshold.
Projektgeschichte
Najoshi and Fass developed Sickle as a sliding-window, adaptive quality trimmer for FASTQ sequencing reads. Upstream's requested software citation dates the project to 2011 and identifies version 1.33.
Adoptionsgeschichte
Sickle became available through bioinformatics and operating-system packaging channels. The supplied metadata records Homebrew, Debian, and Ubuntu packages, while the official repository includes an XML descriptor for integration into local Galaxy installations.
Wie es verwendet wird
Sickle offers `se` and `pe` modes for single-end and paired-end reads. Users specify FASTQ inputs, quality encoding, output files, and optional quality or length thresholds; paired-end mode can preserve pairs, emit orphaned reads separately, or produce interleaved output.
Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren
Sickle captures an earlier generation of compact, native bioinformatics command-line tools: a focused C executable, compressed-FASTQ support through zlib, explicit quality-encoding selection, and straightforward composition in sequencing pipelines. Its Galaxy descriptor also bridges shell-oriented and workflow-platform packaging.
Zeitleiste
- 2011: Upstream's requested citation dates Sickle and version 1.33 to this year.
- Subsequent packaging: Sickle became available through Homebrew, Debian, and Ubuntu.
Related projects
- Galaxy can expose Sickle through the XML tool descriptor shipped in the repository.
- kseq.h, bundled with the source, provides sequence parsing.
- zlib provides compressed-input support.
Quellen
- https://github.com/najoshi/sickle#readme
- source_facts.package-manager
Sicherheitslage
Risikostufe: grün
narrow executable package without higher-risk signals.
Risikoklassifikator
grün Risiko · niedrig Konfidenz · appliance
Warum
- narrow executable package without higher-risk signals
Signale
- metadata:no-higher-risk-signals
Installationsverhalten
- In den Formelmetadaten ist kein Homebrew-Post-install-Hook erfasst.
- Homebrew-Bottle-Metadaten sind für 6 Plattformziele verfügbar.
Empfohlene Prüfung
Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.
Executables
Installierte Executables
| Befehl | Art | Sichtbarkeit | Hinweis |
|---|---|---|---|
sickle | cli | globales Executable |
Aktualität
Version und Aktualität
Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.
Seite generiert2026-09-19
Manager-Version1.33
Manager aktualisiert2026-09-13
lokale DatenOK
Upstreamaktuell
neueste erkannte Versionv1.33
https://github.com/najoshi/sickle
- OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.
Installationsmetadaten
Paketmetadaten
| Paketschlüssel | brew:sickle |
|---|---|
| Version | 1.33 |
| Paketmanager | Homebrew |
| Paketmanager-Seite | https://formulae.brew.sh/formula/sickle |
| Homepage | https://github.com/najoshi/sickle |
| Repository | https://github.com/najoshi/sickle |
| Lizenz | MIT |
| Quellarchiv | https://github.com/najoshi/sickle/archive/refs/tags/v1.33.tar.gz |
| Zuletzt aktualisiert | 2026-09-13T09:05:23Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | verfügbar (auf arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | nicht definiert |
| Dienst | keiner deklariert |
Registry-Fakten
Details aus der Quelldatenbank
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | sickle |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
Source-Datenbank-Treffer
Andere Paketmanager-Einträge
Treffer stammen aus externen Paketmanager-Indizes und bleiben von lokalen Automic-Vault-Paketlinks getrennt.
Debian apt95%
sickle 1.33+git20150314.f3d6ae3-2
windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
https://github.com/najoshi/sickle
sudo apt install sickle- Section: science
- Architecture: amd64
- 2 Abhängigkeiten
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Sickle
Ubuntu apt95%
sickle 1.33+git20150314.f3d6ae3-2
windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
https://github.com/najoshi/sickle
sudo apt install sickle- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 Abhängigkeiten
- normalized package name match
- Abgeglichen nach: Sickle
Quellspur
Aus Repository-Daten generiert
Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Verwendete Quellen
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation