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macOS

Homebrewverifiziert · 100%

brew install chopper

local Homebrew formula metadata

Überblick

Paketzusammenfassung

Filter and trim long-read sequencing data by quality and length

Projektlinks

Befehle und Aliase

chopper

Verlauf

Projektgeschichte und Nutzung

chopper is a Rust command-line program for filtering and trimming FASTQ reads from long-read sequencing platforms such as Oxford Nanopore and PacBio. It is designed as a faster reimplementation of functionality associated with the Python tools NanoFilt and NanoLyse.

Projektgeschichte

The project's GitHub repository was created in August 2020. Its first published GitHub release was v0.1.0 in November 2022, and development has continued through later releases that expanded its filtering and trimming strategies.

Adoptionsgeschichte

The project distributes ready-to-use binaries from GitHub Releases and documents installation through Bioconda. The supplied package metadata also records a Homebrew formula, making it available in both bioinformatics-focused and general-purpose package-manager workflows.

Wie es verwendet wird

chopper fits Unix sequencing pipelines by reading FASTQ from standard input and writing accepted reads to standard output. Common invocations set minimum quality and length thresholds, optionally crop or quality-trim reads, and pipe compressed data through gzip or pigz.

Warum Paket-Nerds sich dafür interessieren

For package-oriented users, chopper is notable as a small Rust replacement for older Python tooling that preserves stream-based composition while offering standalone release binaries and Bioconda and Homebrew distribution. Its stdin/stdout interface makes it easy to slot into reproducible shell pipelines without project-specific configuration.

Zeitleiste

2020: GitHub repository created.
2022: First GitHub release, v0.1.0.
2026: v0.13.0 released with split-window support for low-quality splitting.

Related projects

NanoFilt and NanoLyse are the Python tools whose functionality motivated chopper's Rust implementation.
pigz is recommended in the official README for overlapping FASTQ compression or decompression with chopper's processing.

Quellen

https://api.github.com/repos/wdecoster/chopper
https://api.github.com/repos/wdecoster/chopper/releases?per_page=100
https://github.com/wdecoster/chopper#readme
source_facts.package-manager

Sicherheitslage

Noch keine Protected-Tool-Abdeckung gefunden

Für chopper wurde kein passendes lokales Secret-Handling-Manifest gefunden. Paketmetadaten bleiben hier veröffentlicht, damit künftige Abdeckung eine stabile Paket-URL hat.

Installationsverhalten

In den Formelmetadaten ist kein Homebrew-Post-install-Hook erfasst.
Homebrew-Bottle-Metadaten sind für 6 Plattformziele verfügbar.
Build-Metadaten listen 2 Build-Abhängigkeiten.

Empfohlene Prüfung

Prüfe vor unbeaufsichtigter Agent-Nutzung, ob das Tool Klartext-Credentials liest, Remote-Zustand schreibt, Artefakte veröffentlicht oder Plugins ausführt.

Executables

Installierte Executables

Befehl	Art	Sichtbarkeit	Hinweis
`chopper`	cli	globales Executable

Aktualität

Version und Aktualität

Diese Signale trennen das Alter der Seitengenerierung, Aktivität des Paketmanagers und Upstream-Release-Vergleich. Versionsrückstand wird nur gemeldet, wenn eine Evidenz-URL und vergleichbare Versionen vorhanden sind.

Seite generiert2026-08-04

Manager-Version0.13.0

Manager aktualisiert2026-07-15

lokale DatenOK

Upstreamaktuell

neueste erkannte Versionv0.13.0

https://github.com/wdecoster/chopper

OKEs wurden keine Aktualitätswarnungen generiert.

Installationsmetadaten

Paketmetadaten

Paketschlüssel	brew:chopper
Version	0.13.0
Paketmanager	Homebrew
Paketmanager-Seite	https://formulae.brew.sh/formula/chopper
Homepage	https://github.com/wdecoster/chopper
Repository	https://github.com/wdecoster/chopper
Lizenz	MIT
Quellarchiv	https://github.com/wdecoster/chopper/archive/refs/tags/v0.13.0.tar.gz
Zuletzt aktualisiert	2026-07-15T10:09:42Z
Pulse	updated
Build-Abhängigkeiten	cmake, rust
Bottle	verfügbar (auf arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	nicht definiert
Dienst	keiner deklariert

Registry-Fakten

Details aus der Quelldatenbank

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	chopper
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

Paketgraph

Links stammen aus dem lokalen Paketbeziehungsgraph, Ergänzungen, Abhängigkeitskanten, Ecosystem-Matches und Paket-Hub-Mitgliedschaft.

Quellspur

Aus Repository-Daten generiert

Diese Seite wird von av-web aus dem privaten Paket-SQLite-Artefakt bereitgestellt, das scripts/generate-pkg-sqlite.py erstellt.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/chopper.yml

Verwendete Quellen

cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

chopper mit Homebrew installieren